Kvænangen har også mye spennende og variert natur. Kommunen ligger nordøst i fylket, som omfatter fastlandet på begge sider av fjorden Kvænangen og øyene i denne, samt dal- og fjellstrøkene innenfor fjordbotnen.

Herfra strekker kommunen seg vel 30 kilometer videre sørøstover omtrent til vannskillet mot Alta-Kautokeinovassdraget.