Regionen Harstad–Sortland–Narvik utgjør Nord-Norges tettest befolkede område med omkring 110 000 innbyggere. Kommunen omfatter den nordøstlige delen av Hinnøya og grenser til Tranøy i nordøst, Andøy ute på Andfjorden i nord vest, Kvæfjord i vest og Tjeldsund (i Nordland fylke) i sør.

I sørøst forbinder Tjeldsundbrua Hinnøya med Skånland og fastlandet over Tjeldsundet, og i øst ligger Vågsfjorden hvor Harstad grenser til Ibestad. Selve byen ligger øst på Hinnøya. Her møtes den nord- og sørgående Hurtigruten hver morgen.